Polegają głównie na usuwaniu złogów nazębnych z okolicy naddziąsłowej i poniżej brzegu dziąsła. Określane są mianem skalingu (usuwania kamienia), czyszczenia głębokiego, czyszczenia periodontologicznego, czy wygładzania powierzchni korzeni zębów, coraz rzadziej nazywane są kiretażem zamkniętym. Zabiegi te wykonuje się z użyciem narzędzi ultradźwiękowych, ręcznych kiret, piaskarek.

Nie wymagają użycia skalpela, ponieważ działania ograniczają się do kieszonki przyzębnej, czyli patologicznej przestrzeni wytworzonej w przebiegu choroby między dziąsłem a zębem. Ich celem jest redukcja liczby bakterii chorobotwórczych dla tkanek przyzębia, stąd ten etap leczenia nazywany jest także fazą przyczynową, eliminuje on stan zapalny, spłyca kieszonki przyzębne.  Długość trwania tego etapu leczenia może być różnie długi- od kilku tygodni nawet do roku. W znakomitej liczbie przypadków leczenie niechirurgiczne jest całkowicie wystarczające do zahamowania dalszego postępu choroby przyzębia.